Sequence analysis

MalaCard: human 疾病資料庫 =>相關疾病及其相對基因 ，omic資料

SMS2: sequencing 相關之資料庫，格式轉換上周說過了。

那要如何做分析工作?

    Sequencing Analysis中，找Molecular Weight 然後把序列貼進去sumit

    可以轉換成蛋白、求蛋白分子量、等電點(PI)等

    可下載離線版(Moodle)

    Primer設計( PCR Primer Stats ) check primer

    PCR Products : 將序列及primer key in 就可以知道primer在這段序列

中會夾到什麼

    Restriction Map:可以知道限制酶在序列上之位置

    Reverse complement 可以reverse(注意序列方向性)

BLAST

T、P BLAST:轉錄、轉譯完在BLAST

下面有許多BLAST

  

在BLAST Genome 可以選擇在搜尋範圍，有human；mouse等常用的

Primer BLAST:可以測試PRIMER!!!!! (訂製primer前要先試試)

Optimize:不要選mega??

(有時候選Mega會找不到時，可以選用middle)

Job tittle 替自己的blast命名，假如一次做大量的話方便區分

點Algorithm parameter 會有很我其它可以設定的

Show results in a new window  這樣子到時候會開新分頁，若有什麼設定就不會不見

顏色:表示相關性=> 紅色表高度相關~

看MM 位置……

不同資料庫會有不同結果 所以PARAMETER要記清楚

BLASTX:嘗試基因上做註解…

Primer 設計  primer bank :輸入目標基因(ex geneID)可以查到文獻中出現過的primer

Bioedit:

use Courier 字形 (打字機字形一樣大)

(好像也可以BLAST，但是感覺有點麻煩不如直接上網做)

NCBI UINGENE=> 找出類似基因