Microarray分析軟體 Multiple experiment viewer

1.選取檔案(MeV_4_9_0)，並且開啟，開啟後會有三個視窗，黑色框框的(MeV.exe)為原始檔案，不可關閉，在位階上
exe>MultExperiment Viewer>Multiple Viewer

2.接著選取檔案，這次用的檔案是老師提供之檔(gpr)，然後全部載入，這個分析軟體可以分析比較2組數據以上之關係

gpr檔案用excel打開長這樣




選取檔案流程:File>Load data>select file Loader>Other Format File>Genepix format>Browse(此處是選取目標檔案所在之資料夾，並在軟體中開啟資料夾)>add(or add all)
ps.軟體版本不同，操作介面按鍵也會有所不同，若版本更新就在自己摸索一下即可

3.將data normalization ，在normalization前後，數據之數值會改變，但排位一定不變
流程:Adjust Data>Normalization>Total Intensity
點完之後圖片會立即改變(稍縱即逝，要注意看變化)

HCL分析
Analysis>Clustering>HCL
·Gene tree
分析完之後點取左邊之HCL(1) 可以看到分析之結果
目前對於此分析之用途尚不清楚，只知道越紅色其相關性越高，綠色則越低

4.K-mean分析
設立分群，可以自行決定要分成幾群，但實際數據的意義，我還不是很懂，先把流程記下來，以後會懂得
流程:(要用original檔案):Analysis>Clustering>KMS
·Cluster gene ////即用基因分組，若選 sample 則是用樣本分組
V:Construct Hierarchical Trees
一樣點取KMS就可以看檔案

5.CAST
也可以由電腦決定要分成幾群，用密度法的方式，離中心(mean)最近的去分組。
流程：Analysis>Clustering > CAST (Cluster Affinity Search Technique)
要點選之選項和KMS差不多
Note:

CAST:相似的先聚在一起，再找相似的聚(所以組數不一定)

K means:一開始就先分類好有哪幾組，然後再將DATA分入

6.有一個像是把樣本間標準化的操作

流程:normalization完>Adjust data > Gene/Row Adjust >Divide Gene/Row by RMS(or SD)

好像圖形沒麼變 = = (不知道是怎樣)

7.GDM

流程:步驟：Analysis > Visualization > Gene Distance Matrix (GDM)

顏色由黑到紅色漸層，越黑代表越相似

點選基因(OR選項)，他就會變到最前面和他人比較(注意看前後變化)

有想特別探討的gene，可以按該格，會跳出視窗顯示哪個gene與其最相似。再按"Expression graph"可以以折線圖方式表現

如圖示(一樣還是看不太懂圖，等待發掘)

話說這個軟體除了可以分析Microarray，NGS 資料一樣適用

8.存檔(資料檔)*副檔名要存"xxx.anl"才行 >> 目前打不太開檔案

也可以存成圖檔(可以直接打開)

\

以上