利用 Phylip 建立 MP、ML、NJ tree
Phylip 流程圖
分成上下，MP、ML走下方路徑，NJ走上面
首先要將 多個fasta 檔 合併並alignment成一個檔案，儲存成
將檔案拉到Phylip資料夾中的exe 資料夾中，並將檔案命名為infile (不可有副檔名)
將 infile 建立好之後 首先先來建立MP tree
打開(protpars.exe)
將infile outfile outtree 刪除或改檔名，並把outtree改成intree準備進行下一步驟
接著建立ML tree
接著同樣去除infile ，outfile 改成infile
會出現結果outfile和outtree ，將outtree改成intree後，用(consense,exe)合併即為NJ tree
分成上下，MP、ML走下方路徑，NJ走上面
一開始要下載Phylip，為資料夾形式之程式
首先要將 多個fasta 檔 合併並alignment成一個檔案，儲存成
phylip4.0檔 (3.2不能用)
注意要開新的alignment，並用import序列的方式
將檔案拉到Phylip資料夾中的exe 資料夾中，並將檔案命名為infile (不可有副檔名)
(此程式只接受infile(or intree)的檔名，出來之結果只有outfile(or outtree)
進行下一步驟前需將原本之infile丟棄或改名
將 infile 建立好之後 首先先來建立MP tree
點選(seqboot.exe)後
(此步是先將原本之檔案用bootstrap處裡)
依序輸入 y，1
(y 表示同意上述設定， Random number通常設定為1 (還不太確定為什麼，可能是用第一條做比對)
輸入完成之後，等程式跑完會出現一個outfile，將原本之infile 刪除或改名，把outfile改成infile
打開(protpars.exe)
先按m (analyze multiple data sets)→
再按d (multiple data sets)→
再按100 (跑100組樹)→
((這裡僅為範例操作因此只用100，若實際上應大於1000))
再按1
再按1
然後按y，就開始跑了
再按100 (跑100組樹)→
((這裡僅為範例操作因此只用100，若實際上應大於1000))
再按1
再按1
然後按y，就開始跑了
結果會有outfile 和 outtree
outfile中為跑完之數據結果，outtree則為圖像化，可用Treeview檢視
將infile outfile outtree 刪除或改檔名，並把outtree改成intree準備進行下一步驟
點選(consense,exe)
按Y 開始跑，將100顆樹整併成一顆
最後的outtree即為MP tree (用Treeview檢視)
接著建立ML tree
MLtree 前面步驟和MP類似
都是用(seqboot.exe) 出來的檔案繼續接下去做
只是在建樹時，MP是用(protpars.exe)
而ML 要選(proml.exe)
m→d→100→1→1→y
接著後續步驟和MP都類似
最後是NJ tree建立
同樣也是是用(seqboot.exe) 出來的檔案繼續接下去做
不過接下來選的程式是(ptotdist.exe)
輸入p可以更變模式
接著輸入 M、D、100
確認後按Y
接著同樣去除infile ，outfile 改成infile
開啟(neighbor.exe)
點m、d、100、1
會出現結果outfile和outtree ，將outtree改成intree後，用(consense,exe)合併即為NJ tree
將3 tree 拉出來看 會長的不太相同但很類似
影片
1.bioedit
2.MP tree
3.ML tree
4.NJ tree-1
5.NJ tree-2
6.compare
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