Sequence analysis note

introducion
Entrez:早期資料庫間之相互連結

Primary sequence: EX:Gene bank => 在資料庫中無法發現之序列，會建立新資料，會有GI  number (登錄號，暫時的)，確定之後會有XM 號 (館藏號)

Scaffold:將短序列重疊而成之長序列

資料庫中之資訊:

Header
    Locus name Length Moleculartype Diversion Modification 
ACCESSION JQ082261 文獻以此為主
VERSION JQ082261.1 (後面的點點為不同版本之註記) GI:別裡這個，可能被刪除
FEATURE
CONTIG

Necletide
GO:有三項:(查生物資料庫講義)

1. 生物途徑(Biological process)：指基因產物所參與的生物路徑
2. 細胞組件(Cellular component)：指基因產物在細胞內外的位置
3. 分子功能(Molecular function)：指基因產物的分子活性  

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NCBI

  All Resource  :會有每個資料庫之介紹
 
   pudchem: for 藥物者做的資料庫

1.Nucleotide:
 輸入名稱: 會有()的表示為暱稱，沒括號的為正名
以FTHFS為例

點入
GeneBank 格式

題外
點入: ORGANISM:可以知道關於此物種所有之資訊

看起來蠻少的

FASTA格式

HOW TO 獲得FASTA格式
將NCBI格式全選 貼到以下 SMS2(http://www.bioinformatics.org/sms2/)

OR直接用選的

• Graphics( FOR primer working)

Gene

UniProt資料庫(較強調蛋白基因功能)
NCBI較強調序列

GeneCard 多是人類資料庫，視覺化，參考用，不能直接用，可參考並回歸ncbi等。應該無法用在微生物上(商用資料庫)