20180125 期末報告

1. 請選出一個跟你論文主題相關的基因 (gene X)。
    選用 Formyltertrahydrofolate Synthetase(FTHFS) 基因，為共營乙酸氧化菌氧化乙酸過程中關鍵酵素的基因

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2. 將 gene X 於 Pubmed 或相關文獻探勘軟體，進行篇數，年代，作者趨勢分析。
    根據我對於此基因的了解，分別選'用了fhs、fthfs及formyltertrahydrofolate synthetase作為搜尋關鍵字，設定搜尋目標為近十年內的文獻，發現在pubmed搜尋中，利用fhs作為關鍵字主要會搜尋到"Family Health Strategy"所以這個關鍵字在此是不是用的，利用formyltertrahydrofolate synthetase 則是在前20篇文獻中，出現6篇我所感興趣的；而用fthfs搜尋總共出現21筆資料，都是和SAOB有關的文獻因此用fthfs搜尋是最能target到目標的。而近十年只有21篇文章，所以幾乎可依說是沒有趨勢可言。總體而言就是研究此課題的團隊相對較少，目前研究不多。

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3. 將 gene X 利用 NCBI Gene 入口，獲得相關序列資訊（包括 genomic, reference sequence, peptide sequence)

    直接選用Clostridium ultunense 這株已知的SAOB基因，找其中FTHFS基因，

LOCUS       LT669839
DEFINITION  [Clostridium] ultunense Esp isolate Clostridium ultunense strain
            Esp genome assembly, chromosome: chrI.
ACCESSION   LT669839 REGION: 1367874..1368462
VERSION     LT669839.1
DBLINK      BioProject: PRJEB15620
            BioSample: SAMEA4534033
REFERENCE   1
  AUTHORS   Manzoor,S.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (21-NOV-2016) SLU, Dept. of Microbiology, Dept. of
            Microbiology, 75007, Sweden
FEATURES             Location/Qualifiers

>LT669839.1:1367874-1368462 [Clostridium] ultunense Esp isolate Clostridium ultunense strain Esp genome assembly, chromosome: chrI
AACTACAGTAAATATAGGTTTGAGTATGGCATTGAATAAAATAGGTAAAAAAGCAGTAACTGCATTGAGA
GAGCCTTCTTTAGGACCTAGTTTTGGTATTAAAGGTGGAGCAGCTGGTGGAGGATATGCTCAAGTTGTAC
CTATGGAAGATATAAATCTACACTTTACTGGTGATTTCCATGCAATTACTACAGCTCATAACCTAATTTC
TGCTTTGTTGGATAACCATATTCATCAAGGGAATGCATTGAATATCGATCCAAGAAGGGTAGTATGGAAA
AGAGTTCTTGATATGAACGATAGAGCATTAAGAAATATAGTTGTAGGATTAGGCGGTAGACCAAACGGTG
TACCTAGAGAAGATGGATTTGATATAACAGTTGCTTCAGAAATAATGGCAATTTTCTGTTTATCAAAGGA
TTTAGAGGATTTCAAAGAGAGAATTGGAAATATATTAGTAGCATATAAATATGATGGAAGCCCTGTATTT
GCTAAGGATTTAAAGGCACAGGGAGCAGTAGCTTTACTTATGAAAGATGCTATCAATCCTAACCTTGTTC
AGACATTAGAAAATACTCCAGCACTTATT

4. 利用 gene X 的序列進行 Blastn 或 Blastp，找出至少10條以上，20條以下，不同種 (species) 的序列，進行 Phylip 分析。使用方法為 NJ 與 ML。bootstrap 設定在 n = 250 以上。
    選擇目前以知的SAOB-Clostridium ultunense 及 Tepidananaerobacter acetatoxydans 及部分我做的3個clone 和NCBI資料庫中所建立之Clone 10個進行序列比對

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5. 將 gene X 於 NCBI GEO profile 中尋找相關的表達資訊， 至少10個以上，20個以下。製成 tab txt file。再用 TMeV 畫出聚類分析圖形（至少三種）。
   在NCBI 資料庫中，用fthfs 搜尋 無法蒐得出相關資料。截至目前仍然沒有。

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6. 將上述 5. 所得與 gene X 表達相關基因，利用 STRING 預測交互作用網路，並列出最有興趣的GO關係圖形 (CC, MF, BF) 三種。

 

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7. 預測 gene X 的蛋白結構圖。

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8. 預測 gene X 的 micorRNA binding site。

   

    micorRNA 在原核生物的研究較少，在資料庫沒有資料可以比對。