PyMol進階練習

1.2AVU
先做出這個圖

接著輸入指令
create A, chain A
create B, chain B
create C, chain C
create D, chain D
create E, chain E
create F, chain F

再點選all→H(Hide)→hide everything
點選C→show→stick
點選D→show→sphere，輸入指令set sphere_scale, 0.4
點選A→show→surface
點選B→show→cartoon
點選F→show→cartoon
點選E→show→ribbon
再將背景調成白色即完成

2.4LMY

打開檔案先點選all的Hide→nonbounded
調整一下位置後，調整Color

選取紫色sequence 104、107、144、147 位置
Show=>side chain=>stick
Show=>mian chain=>stick

點選球(Zn)，指令set sphere_scale, 0.5

改變一下顏色

調整位置

選取紫色位置4、6、15、19、97、99，

Show=>side chain=>stick
Show=>mian chain=>stick
將背景弄淡
輸出圖片並編號

3.4KC3

先轉圖及變顏色
(顏色:blue→slate&magenta→pink)

再輸入指令 rotate y, -90

比較前後

選藍色序列22、35、38、198，粉色序列144、148、149、244
Wizard→measurment，右下會出現視窗點選"distance"→"distance"
點選序列端點，再點選相對序列的的端點，使連接並且測距離
全部完成後，點選DONE
(all)點選Hide→label
Display→Backgroud→White
Setting→Transparency→Cartoon→60%

4.

打開3QYC與1IGM PDB檔案
Hide nonbounded
改顏色:3QYC=>green, 1IGM=>cyan)
先選取3QYC序列chain B部分23-49，89-123
(sele) 點選A，將選取的部分rename selection， 輸一個名子給他

選取1IGM序列chain H部分21-46，79-104
點選A，將選取的部分rename selection(同上)
接者點選A→align→to selection→剛剛定義之檔名(要align處)