Phylogenetic analysis 基本概念

生物學的一切都沒有道理，除了放在演化的光芒之下-

Systematics:系統生物學，物種演化歷史，基因等的變化

Phylogenetics:研究物種間之關係(*最主要:同源)

演化觀點及演化順序

Homology:以物種演化分類 而非功能

(同源)

Homologous structure

                   Chromosome

                   Gene

問題:找遺傳關係(建樹)                        計畫:tree of life

遺傳分類學:1.建立在物種來自同一起源

                   2.二分法(現今有三分、四分、網狀等)

                   3.演化為連續

聚在一起為一群，群有節點、幹有距離

Tree terminology

Branch:長短為距離

Scale:不同演算法會有不同

Node:共主(概念，曾存在，不知道是誰但就是存在)

Root:共主之存在

支序學派:依據演化樹順序分類，不考慮外型

分支圖:有演化順序概念(有roor)

表行學派:演化最後的相似程度

無

Root之重要

不同來源 序列之差異(彼此間之關係): 無根=>無方向

演化的順序之差異 :有跟=有方向

(有無根圖形可以互換，但是演算法要正確)

無根樹:反映物種間距離，

有根樹:反映時序

根之選擇:選相近的力如同綱等

                細菌稍微複雜，可以選2~3個做為outgroup，(綱、目)

出現多系群:=>c換一個序列做

Homologs:

直向同源:序列不同，蛋白同

共生同源:序列不同，蛋白不同

*基因鑑定之遠近不可以牴觸以發現之生物演化順序的定理

Analogy:

Alignment

一般

建樹的每個地方都是獨立的:多一個可能為插入或原本

                                                少一個為掉了或原本

演算法:ATCG間變化的或然率被算出，弄成矩陣

Model:

UPGNA很像的放在一起，(不太準)，長度沒有演化意義，只代表相對位置

NJ:有長短，表距離，表行學派=>共主只能拿來做為比較遠近，沒有演化順序

                        (根好像沒什麼用?)

之序學派: 用在比較演化過程

                        MP:用在演化時程短，演化快速EX病毒

                        ML:演化長Phylogenetic analysis

orthologs 及 paralogs 的差別請看以下資料(FROM 陈洪波科学网博客)
http://blog.sciencenet.cn/blog-217859-280960.html