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Sequence analysis note

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introducion Entrez:早期資料庫間之相互連結 Primary sequence: EX:Gene bank => 在資料庫中無法發現之序列，會建立新資料，會有GI  number (登錄號，暫時的)，確定之後會有XM 號 (館藏號) Scaffold:將短序列重疊而成之長序列 資料庫中之資訊: Header     Locus name Length Moleculartype Diversion Modification  ACCESSION JQ082261 文獻以此為主 VERSION JQ082261.1 (後面的點點為不同版本之註記) GI:別裡這個，可能被刪除 FEATURE CONTIG Necletide GO:有三項:(查生物資料庫講義) 生物途徑(Biological process)：指基因產物所參與的生物路徑 細胞組件(Cellular component)：指基因產物在細胞內外的位置 分子功能(Molecular function)：指基因產物的分子活性   ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- NCBI   All Resource  :會有每個資料庫之介紹      pudchem: for 藥物者做的資料庫 1.Nucleotide:  輸入名稱: 會有()的表示為暱稱，沒括號的為正名 以FTHFS為例 點入 GeneBank 格式 題外 點入: ORGANISM:可以知道關於此物種所有之資訊 看起來蠻少的 FASTA格式 HOW TO 獲得FASTA格式 將NCBI格式全選 貼到以下 SMS2( http://www.bioinformatics.org/sms2/ ) OR直接用選的 Graphics( FOR primer working) Gen
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Microarray分析軟體 Multiple experiment viewer

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1.選取檔案(MeV_4_9_0)，並且開啟，開啟後會有三個視窗，黑色框框的(MeV.exe)為原始檔案，不可關閉，在位階上 exe>MultExperiment Viewer>Multiple Viewer 2.接著選取檔案，這次用的檔案是老師提供之檔(gpr)，然後全部載入，這個分析軟體可以分析比較2組數據以上之關係 gpr檔案用excel打開長這樣 選取檔案流程:File>Load data>select file Loader>Other Format File>Genepix format>Browse(此處是選取目標檔案所在之資料夾，並在軟體中開啟資料夾)>add(or add all) ps.軟體版本不同，操作介面按鍵也會有所不同，若版本更新就在自己摸索一下即可 3.將data normalization ，在normalization前後，數據之數值會改變，但排位一定不變 流程:Adjust Data>Normalization>Total Intensity 點完之後圖片會立即改變(稍縱即逝，要注意看變化) HCL分析 Analysis>Clustering>HCL ·Gene tree 分析完之後點取左邊之HCL(1) 可以看到分析之結果 目前對於此分析之用途尚不清楚，只知道越紅色其相關性越高，綠色則越低 4.K-mean分析 設立分群，可以自行決定要分成幾群，但實際數據的意義，我還不是很懂，先把流程記下來，以後會懂得 流程:(要用original檔案):Analysis>Clustering>KMS ·Cluster gene ////即用基因分組，若選 sample 則是用樣本分組 V:Construct Hierarchical Trees 一樣點取KMS就可以看檔案 5.CAST 也可以由電腦決定要分成幾群，用密度法
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利用 Phylip 建立 MP、ML、NJ tree

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Phylip 流程圖 分成上下，MP、ML走下方路徑，NJ走上面 一開始要下載Phylip，為資料夾形式之程式 首先要將 多個fasta 檔 合併並alignment成一個檔案，儲存成 phylip4.0檔 (3.2不能用) 注意要開新的alignment，並用import序列的方式 將檔案拉到Phylip資料夾中的exe 資料夾中，並將檔案命名為infile (不可有副檔名) (此程式只接受infile(or intree)的檔名，出來之結果只有outfile(or outtree) 進行下一步驟前需將原本之infile丟棄或改名 將 infile 建立好之後 首先先來建立MP tree 點選(seqboot.exe)後 (此步是先將原本之檔案用bootstrap處裡) 什麼是bootstrap (张金龙科学网博客 ) 依序輸入  y，1 (y 表示同意上述設定， Random number通常設定為1 (還不太確定為什麼，可能是用第一條做比對) 輸入完成之後，等程式跑完會出現一個outfile，將原本之infile 刪除或改名，把outfile改成infile 打開(protpars.exe)  先按m (analyze multiple data sets)→ 再按d (multiple data sets)→ 再按100 (跑100組樹)→ ((這裡僅為範例操作因此只用100，若實際上應大於1000)) 再按1 再按1 然後按y，就開始跑了 結果會有outfile 和 outtree outfile中為跑完之數據結果，outtree則為圖像化，可用Treeview檢視 將infile outfile
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