miRNA

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miRNA的Database:miRBase

HW1:
由於目前沒有研究相關的miRNA，所以就到Database中搜尋一條假裝是自己的











(miRBase 首頁)


選擇人類的資料庫(因為資料較多)

流程:Browse=>Human=>Homo sapiens=>找一miRNA

隨機選一個:這次選hsa-mir-1-1點進去

到stem -loop欄位,按get sequence
之後將miRNA序列複製sequence

接著到另一個網站:RNALogo
是一個可以將miRNA圖像化的網站


將剛剛選取之miRNA圖像化:
點選CreateLogo=>for unaligned RNA sequences
將sequence貼上後，submit


















得到之miRNA圖
有Stem 也有 Loop























自創一個序列:
UGGGAAACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUuuuttcgAUGGACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUCUCA
期圖形是醜的




















HW2:

回到miRBase

選原本選的hsa-mir-1-1
找到Mature sequence中 選 Predicted targets
可以知道這段miRNA會Bind到那些target上
選RNA2-HSA
















點Submit Choice 後
選一個transcript ID，到google 搜尋



















點進去後
按Show Transcript Table
選一個Refseq
會跳到
複製序列後

到RNA22


將miRNA序列 及 剛剛複製的序列貼上
Submit





















照理說會出現一張表，是miRNA會target到的位置，
但是有可能會是都沒有結果
這次我選的就剛好沒結果
所以我就嘗試別的
得到以下結果













cytoscape












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